Az 1699-es karlócai békekötés 325 évfordulója alkalmat adott a Délvidék török megszállása közel két évszázados, tragikus eseményeinek a felidézésére, jelezve egyszersmind az új ország felépítésére fordított hatalmas erőfeszítések jelentőségét is. Az Oszmán Birodalomnak a megszállt népek iránti kegyetlenségét jól érzékelteti a „Szászsebesi Névtelen”-ként emlegetett Georgius de Hungaria – Magyarországi György Értekezés a török szokásairól, viszonyairól és gonoszságáról 1438–58 című, személyes élmények nyomán született, korabeli beszámolója, melyben leplezetlen indulattal szólt a törökök féktelen terjeszkedéséről: „A Nagy Török a leghatalmasabb úr – írta –, s rengeteg földet és szigetet lenne képes a fegyverek erejével elfoglalni, mégis annyira óvakodik az emberek leölésétől; mert inkább azt akarja, hogy életben maradjanak s adófizetői legyenek, semhogy vérontás árán akarna foglalni és birtokolni. Ebből következően semmiképpen sem akarják megölni az embereket, csak akkor, ha védik magukat, vagy menekülnek előlük. Minden igyekezetükkel azon vannak, hogy elevenen foghassák el őket; így ugyanis egyetlen emberből kettős zsákmány lesz, a török azon igyekszik, hogy eladva a foglyát, annak teste által elégítse ki saját bírvágyát, az ördög pedig azon, hogy a hitét elvéve, a lelket vihesse nyomorultul magával a gyehennára.” Ebből kitűnik, az adófizetői szolgálat elsőbbsége határozta meg a török hatalom hódító politikáját. Ennek lényegét foglalta össze Miskei Antal Délszláv kereskedők és hírszerzők a Duna mentén – Adalékok a kevei rácok történetéhez a 16. század második felében című, 1999-ben közölt tanulmányában, amelyben a Csepel-sziget déli részén az 1440-ben királyi engedéllyel megtelepedett szerbek által alapított Ráckeve történetét írta meg. Munkájában kiemelte: a török összeírások is azt bizonyítják, hogy az oszmán hivatalnokok nem sokat törődtek a bevándorlók származásával, vagy vallási hovatartozásával, elsősorban az adóköteles háztartásfőket igyekeztek nyilvántartásba venni – legyenek azok helyben született magyar földművelők, szerb kereskedők, vagy a török hadseregben katonai szolgálatot teljesítő délszláv martalócok.
A középkori magyar királyság török uralom alá került területein a katolikus egyháznak határozottan kellett volna védelmeznie az elmúlt fél évezred során kiépített pozícióit, erejét, elszántságát azonban jelenősen meggyengítette a reformációval évtizedek óta vívott ádáz küzdelem. Pázmány Péter Carlo Caraffa bécsi nunciusnak 1622. június 20-i keltezéssel küldött beszámolójában elmondta, a hódolt Magyarországon tudomása szerint a pécsi jezsuiták és a gyöngyösi ferencesek mellett mindössze húsz világi pap és katolikus prédikátor hirdette az egyház tanítását. Pázmány Péter mellett Domitrovich Péter zágrábi és Dallos Miklós váci püspök terjesztett be a nunciusnak hosszabb javaslatot, mindhárman a papi utánpótlás megoldását sürgették. A püspöki beszámolók alapján Carlo Caraffa azonban nem látta annak lehetőségét, hogy a hódoltsági területek egyházi intézményeit a magyar királyság irányából támogassák. Egyrészt a király által kinevezett püspököknek esélyük sem volt a hódoltságba való belépésre, de a papok küldése is számos nehézségbe ütközött, hiszen a királyságban is alig volt katolikus pap, és azok sem akartak a veszélyes török területekre menni.
Az 1600-as évek első évtizedeit egyébként a bosnyák ferencesek és ellenfeleik, a jezsuiták és világi papok közötti pozícióharcok jellemezték. A Propaganda Kongregáció 1615. augusztus 13-án megfogalmazott határozata szerint a jezsuiták nem működhetnek a bosnyák ferences kolostorok által ellátott területeken, és a két rend missziós tevékenysége között a Dráva jelentette a határvonalat. Molnár Antal Katolikus missziók a hódolt Magyarországon I. (1572–1647) című, 2002-ben megjelent könyvében külön fejezetet szentelt a jezsuita rend 1616–1622 közötti megtelepedése és megerősödése történetének. A jezsuita misszió a török által megszállt területen három helyen – Belgrádban, Pécsett és Temesváron – biztosított magának állomást. Belgrádban a raguzaiak segítségével iskolát is alapítottak, az ott képzett misszionáriusokkal a hódoltsági papi utánpótlást igyekeztek biztosítani.
Molnár Antal a lendületesen szaporodó missziós állomások közül a hódoltsági megtelepedés szempontjából egy dunántúli vállalkozást, az alsólendvai missziót tekintette döntő jelentőségűnek. Az alsólendvai uradalom birtokosa, az evangélikus Bánffy Kristóf az 1608. esztendő úrnapján a zágrábi jezsuita templomban hallott prédikáció hatására döntött a katolizálása mellett. Bánffy azonnal hozzálátott a birtokán élő jobbágyok áttérítéséhez is, 1609-ben Szerémségben és Szlavóniában már a zágrábi jezsuita Vásárhelyi Gergely és Szalay István terjesztették a megtérés tanítását. 1612-ben a horvát Bartol Kašić Mitrovicán, Eszéken és Valjevóban folytatott missziós tevékenységet. Érthető hát, hogy a bosnyák ferencesek magyarországi terjeszkedése a Szerémségben ütközött a leghevesebb ellenállásba, noha a ferencesek lelkipásztori tevékenységének ezen a vidéken nagy hagyományai voltak. A XVI. század utolsó harmadában a Dráva–Száva közének katolikusait három bosnyák ferences kolostor látta el: Pozsega környékét és a Száva-melléket a velikai, Diakóvár és Verőce vidékét a našicei, a Dráva-melléket és a Szerémséget pedig a šarengradi.
Molnár Antal a katolikus missziók magyarországi jelenlétéről szóló könyvében a korabeli vizitációs jelentések alapján megállapította, hogy a XVII. század közepén a szerémségi katolikusok száma húszezer főre tehető, egyházi központjuk pedig a vikárius plébániája, Njemci volt. A szerémségi és a Dráva-melléki papság létszáma a XVII. század második harmadában mintegy tíz fő körül mozgott, „ami a bosnyák ferencesekhez képest elenyészőnek tűnik ugyan, de a hódoltsági körülmények között mégiscsak számottevő volt”. A Dunántúlon a legnagyobb katolikus szigetet a Pécs környéki mintegy hatvan falu jelentette. Baranya a hódoltság idején nemcsak a magyarság szellemi központja, Sztárai Mihály működési területe, hanem a katolikus ellenállás fő központja is volt. A Dunántúl másik nagy katolikus szórványa a Balatontól délre, Észak-Somogyban vészelte át a reformáció és a török hódítás viharait. Az itteni lelki-szellemi erőforrások biztosították később Délvidéken a katolikus egyház újjáépítését.
